Modele anatomiczne czaszki odgrywają istotną funkcję w edukacji medycznej, badaniach naukowych także w praktyce medycznej. Ich znaczenie wynika z konieczności istotnego poznania budowy czaszki, jaka jest jednym z znacznie złożonych elementów naszego szkieletu. Modele anatomiczne umożliwiają one na dokładne przestudiowanie układu kostnego, wzajemnych relacji pomiędzy poszczególnymi składnikami czaszki także na pozytywniejsze zrozumienie mechanizmów urazów, deformacji i patologii. Modele anatomiczne czaszki są także szeroko wykorzystywane w stomatologii. Budowa czaszki ma duże znaczenie w ocenie oraz leczeniu schorzeń jamy ustnej, wad zgryzu czy problemów ortodontycznych. W ortodoncji modele anatomiczne czaszki pomagają w analizie struktury żuchwy i szczęki, co gwarantuje precyzyjne zaplanowanie leczenia aparatami ortodontycznymi. Nie bez znaczenia są także modele anatomiczne czaszki w medycynie sądowej i antropologii. Modele anatomiczne czaszki, które różnią się stopniem szczegółowości i surowcem wytworzenia. Jednym z najbardziej istotnych typów są normalne modele anatomiczne czaszki ludzkiej, przedstawiające podstawowe kości i ich powiązania. Modele anatomiczne tego typu są często wykorzystywane w edukacji oraz służą do nauki podstawowej anatomii czaszki. Inną grupę stanowią modele anatomiczne czaszki z ruchomymi elementami, które umożliwiają na lepsze zrozumienie połączeń pomiędzy kośćmi i procesów ich ruchu, co jest wyjątkowo pożądane w stomatologii i chirurgii szczękowej.

W wyjątkowo zaawansowane modele anatomiczne czaszki potrafią być rozkładane na pojedyncze kości, co umożliwia na określone badanie pojedynczych elementów. Dzięki temuż można zauważyć, w jaki sposób poszczególne kości są ze sobą połączone, jakie mają kształty oraz jakie grupy anatomiczne się na nich znajdują. Tego typu modele anatomiczne są szczególnie pomocne w nauce anatomii i chirurgii, ponieważ dają szczegółową analizę struktur trudnych do zobaczenia w rzeczywistej czaszce. Drugim rodzajem są modele anatomiczne czaszki z zaznaczonymi strukturami anatomicznymi, które pomagają w edukacji szczegółowej anatomii. W takich modelach inne czynniki czaszki są oznaczone kolorami, co pomaga ich identyfikację. Na przykład kości tworzące podstawę czaszki potrafią być zaznaczone różnym odcieniem niż kości sklepienia, a kanały nerwowe i otwory potrafią być wyróżnione w sposób sprzyjający ich zapamiętanie. Jest to szczególnie korzystne dla uczniów medycyny, jacy muszą pokonać skomplikowaną terminologię anatomiczną. Dla bardziej zaawansowanych użytkowników dostępne są modele anatomiczne czaszki z odzwierciedlonymi strukturami nerwowymi i naczyniowymi. Tego typu modele anatomiczne mają przebieg nerwów czaszkowych i naczyń krwionośnych, co jest szczególnie cenne w nauce neuroanatomii i neurochirurgii. Dzięki nim można prześledzić ścieżki rozwoju nerwów, ich ulokowanie względem struktur kostnych też miejsca, w jakich potrafią być one uciskane lub uszkadzane. Nowoczesna technika pozwala również na tworzenie modeli czaszki w technologii druku 3D. Modele anatomiczne te potrafią być robione na podstawie prawdziwych danych tomograficznych, co umożliwia na odwzorowanie indywidualnych cech anatomicznych pacjenta. Takie modele anatomiczne są wyjątkowo pomocne w planowaniu operacji chirurgicznych, ponieważ dają lekarzom wcześniejsze przećwiczenie form na dokładnym odwzorowaniu czaszki pacjenta. Technologia ta jest także wykorzystywana w rekonstrukcji twarzy w przypadkach urazów i deformacji wrodzonych.